Muzikos skyriuje saugoma vertinga XVIII-XXa. muzikos instrumentų kolekcija. Tai lietuvių liaudies ir profesionaliosios muzikos įvairaus tipo muzikiniai instrumentai, XIV-XVIII a. instrumentų kopijos, mechaniniai muzikiniai instrumentai (muzikos automatai), kurie patys groja tam tikras pjeses pagal iš anksto paruoštus šablonus arba programas. Ypač vertingi - memorialiniai instrumentai, kurių klavišus ar stygas lietė žymūs Lietuvos menininkai: kompozitoriaus ir dirigento Juozo Tallat-Kelpšos fortepijonas, pianinas, kuriuo Mikalojus Konstantinas Čiurlionis skambino Varšuvoje vadovaudamas Varšuvos lietuvių savišalpos draugijos chorui, kompozitoriaus ir dirigento Juozo Pakalnio fleita, etnomuzikologės Jadvygos Čiurlionytės pianinas, pianisto Gyčio Trinkūno fortepijonas, žymaus gitaristo ir pedagogo Jurgio Rimkevičiaus gitara, trimitininko virtuozo Timofejaus Dokšicerio trimitas ir daugelis kitų. Muziejaus puošmena - fortepijonas „Oszmianiec", pagamintas apie 1830 m. Manoma, kad juo skambino poeto Adomo Mickevičiaus mylimoji Marilė Vereščak. Amžininkų teigimu, Marilės balsas ir skambinimas šiuo fortepijonu įkvėpė poetą ne vienam eilėraščiui.